официальное название: Красноярский культурно-исторический музейный комплекс

В 1991 году со сменой политического строя, сменилось и название музея. Филиал центрального музея Ленина стал Красноярским музейным центром. В отличие от традиционных музеев он обратился не к прошлому, а к будущему культуры. Сложилась уникальная ситуация: музейный центр оставался по-прежнему  хранителем культурных ценностей, но в то же время презентовал новые  пространства и смыслы ─ знаковый проект «Новые территории искусства». С этого времени музей развивается по индивидуальному пути, создавая проекты, впервые произошедшие в музейной жизни России. 

С 1995 года проводится Красноярская международная Музейная биеннале. В мире существуют биеннале разных жанров: современного искусства, графики, архитектуры, дизайна, но музейная единственная в своем роде. «За вклад в развитие европейской идеи» в 1998 году Красноярскому музейному центру, первому российскому музею, был вручен переходящий Приз совета Европы  ─ бронзовая скульптура «Женщина с прекрасной грудью» Хуана Миро. В 2002 году  появился новый проект для города и горожан «Музейная ночь», представляющий собой тематическую динамичную ночную программу, развивающуюся по оригинальному, яркому сценарию, и включающий не только традиционные формы музейной деятельности – выставки и инсталляции, но и музыкальные концерты, видеопоказы, арт-шоу, перформансы, паблик арт.